فقد قام الإمام عليه السلام
بإعفاء الولاة الذين عيّنهم عثمان من مناصبهم ، ونصب ولاة كانوا جديرين بهذه المهمّة ، وهم محلّ ثقة المسلمين ، فأرسل عثمان بن حنيف الأنصاري بدلاً عن عبد الله بن عامر إلى البصرة ، وعلى الكوفة أرسل عمارة بن شهاب بدلاً عن أبي موسى الأشعري ، وعلى اليمن عبيد الله بن عبّاس بدلاً عن يعلى بن منبه ، وعلى مصر قيس بن سعد بن عبادة بدلاً عن عبد الله بن سعد ، وعلى الشام سهل بن حنيف بدلاً من معاوية بن أبي سفيان ، كلّ هذا لسوء سيرة الولاة السابقين وفساد إداراتهم حتى آخر لحظة ، فقد استولى يعلى بن منبّه على بيت مال اليمن وهرب به ، وحرّك معاوية قوّة عسكرية لصدّ سهل بن حنيف عن ممارسة مهامّه الجديدة
.
وفي عملية اختيار الولاة الجدد كان الإمام عليه السلام
دقيقاً وموضوعياً وحريصاً على تطبيق الشريعة الإسلامية بجهازه الإداري الجديد ، وقد أعاد الثقة للأنصار بأنفسهم ورفع معنويّاتهم ، إذ أشركهم في الحكم ، كما أنّ الإمام لم يكن مستعدّاً لقبول الحلول المنحرفة أو أنصاف الحلول ، فقد كان حازماً في اجتثاث الفساد ، فقد رفض عليه السلام
اقتراح إبقاء معاوية على الشام حتّى يستقر حكم
ــــــــــــ
الإمام ثمّ تنحيته فيما بعد
.
حاول الإمام فرض سيطرة الخلافة المركزية على ولاية الشام بعد أن امتنع معاوية فيها عن البيعة ، فدفع الراية إلى ولده محمد بن الحنفية ، وولّى عبد الله بن عبّاس على ميمنته وعمر بن أبي سلمة على الميسرة ، ودعا أبا ليلى بن عمر بن الجرّاح فجعله على مقدّمة الجيش ، وخطب في أهل المدينة وحثّهم على القتال ، ولكن حال دون التحرّك وصول خبر خروج طلحة والزبير على حكم الإمام إلى البصرة بعد أن كانا قد استأذناه في الخروج للعمرة فأذن لهم ، وكان قد حذّرهم من نكث البيعة
.